Der Manchester Terrier weist keine typischen Rassekrankheiten auf und gilt als gesunder Hund. Oft werden sie aber auf eine Blutgerinnungsstörung, bekannt als Von Willebrand Erkrankung, gengetestet. Hierbei kann ein wichtiger Faktor für die Blutgeringung defekt sein oder sogar fehlen.
Nierenprobleme können bei dieser Rasse ebenfalls auftreten, die bis zum Nierenversagen reichen können. Meist lassen sich Nierenprobleme, so wie andere eher kleinere Krankheiten, auf die Art der Fütterung zurückweisen.
Ein gesunder Manchester Terrier kann 14 Jahre alt werden.